MADRID, 20 Jul. (EUROPA PRESS) -
Investigadores del Michigan Medicine (Estados Unidos) han llevado a cabo un experimento con diferentes laboratorios en el que han demostrado, utilizando un método de biopsia líquida, que la creación de un protocolo común para llevar a cabo un método de investigación mejora los resultados.
"Diferentes personas están usando diferentes métodos para secuenciar ARN pequeños, y algunas veces obtienen resultados diferentes. Si continúa así, será difícil para el campo progresar", han avisado los expertos, quienes dirigieron a un grupo de nueve laboratorios de Estados Unidos y Países Bajos con el fin de mejorar la secuenciación de ARN pequeños, a través de la creación de un proceso que pudiera reproducirse en todos los centros.
Y es que, la biopsia líquida depende en gran medida de la capacidad de secuenciar ARN pequeños como microARN, los cuales pueden alterarse en enfermedades como el cáncer, proporcionando una pista para ayudar a detectar enfermedades en sus primeras etapas. Pero la sangre o la orina contienen solo una pequeña cantidad de ARN fuera de las células, lo que dificulta la secuenciación.
"La biopsia líquida para el ARN es un campo nuevo y emocionante para el diagnóstico. Pero el campo necesitaba este tipo de consorcio para unirse, debido al desafío de los diferentes métodos que llevan a resultados que no son reproducibles. Una de las fortalezas de este trabajo es reunir una amplia experiencia, desde biólogos moleculares hasta especialistas en computación y bioinformática", han explicado los expertos, cuyo trabajo ha sido publicado en 'Nature Biotechnology'.
Para este estudio los investigadores prepararon muestras idénticas y las enviaron a cada uno de los nueve laboratorios. Cada laboratorio utilizó múltiples protocolos de prueba para secuenciar cuatro muestras diferentes, incluida una muestra de plasma y tres muestras de ARN sintético.
En total, probaron nueve protocolos de secuenciación diferentes, incluidos cuatro 'kits' comercialmente disponibles y cinco protocolos desarrollados por los laboratorios. Los datos combinados arrojaron más de 5.000 millones de lecturas de secuenciación. "Nos dimos cuenta de que no solo los diferentes métodos producen resultados diferentes, sino que cualquier cambio pequeño dentro de un protocolo determinado puede introducir un grado importante de variación. Para comparar los resultados entre laboratorios, es clave usar un protocolo común y altamente estandarizado", han detallado los investigadores.
Asimismo, los científicos comprobaron que los diferentes métodos usados para la secuenciación producían estimaciones diferentes, a menudo inexactas, de cuán abundante era cualquier marcador individual, mientras que los métodos desarrollados por los laboratorios del consorcio mejoraron la precisión de estas estimaciones. Sin embargo, cuando se usó la secuenciación de ARN para comparar las cantidades relativas de microARN individuales entre diferentes muestras, todos los métodos produjeron estimaciones precisas y reproducibles.
"Descubrimos que no había mucha variabilidad si se usaba el mismo protocolo en múltiples laboratorios. Esto significa que, si desea coordinar un estudio entre diferentes laboratorios, la clave es mantener el mismo protocolo, sea lo que sea, entonces puede comparar sus resultados", han zanjado los expertos.
Los investigadores han publicado el material de referencia sintético, lo que significa que los investigadores de todo el país pueden realizar su prueba y comparar los resultados con lo que encontró el consorcio de laboratorios.
