El CNIO publica dos nuevas bases de datos para la comprensión del genoma humano

Actualizado 17/12/2012 15:06:08 CET

MADRID, 17 Dic. (EUROPA PRESS) -

Científicos del Grupo de Biología Computacional Estructural del Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO), dirigidos por Alfonso Valencia, en colaboración con investigadores franceses y estadounidenses, acaban de publicar dos nuevas bases de datos para el estudio del genoma humano, ya que recogen miles de variantes genómicas para el estudio de enfermedades humanas.

Las nuevas bases de datos (APPRIS y ChiTaRS) se publican en dos artículos de números recientes de la revista 'Nucleic Acid Research'. APPRIS recoge por primera vez, a gran escala, las principales variantes funcionales del genoma humano, y servirá para estudiar de forma dirigida el papel de mutaciones específicas en enfermedad; mientras ChiTaRS comprende un extenso catálogo de más de 16.000 moléculas intermediarias del genoma, con el que poder estudiar su evolución y su relación con enfermedades como el cáncer.

Los seres vivos eucariotas son capaces de generar varias proteínas a partir de la información contenida en un solo gen, gracias, en parte, al proceso de splicing alternativo, que empalma de forma selectiva unos exones (regiones de los genes que producen proteínas), y no otros, para producir las proteínas necesarias en cada momento.

Los trabajos publicados por Valencia estudian esta transferencia de información, contenida en las moléculas intermediarias entre los genes y las proteínas - los ARNs-, y que servirán para la comprensión del genoma, su funcionamiento, y el papel de algunas de sus variantes en el origen de enfermedades humanas como el cáncer.

Un claro ejemplo de la relación entre ARNs y enfermedad es el de la leucemia linfática crónica, en la que investigadores del Consorcio Español de la Leucemia Linfática Crónica (CLL-ICGC), del que el equipo de Valencia forma parte, han observado una acumulación de mutaciones en los genes responsables del proceso de splicing. Estas observaciones apuntan a que alteraciones en estos mecanismos pueden ser el origen de la enfermedad.

En este sentido, se destaca la utilidad de la base de datos APPRIS que recoge un sistema integrado de cómputo que identifica aquellas variantes de proteínas procedentes del splicing alternativo más relevantes para las células.

Esta nueva base de datos ha anotado variantes funcionales del 85% del genoma humano, lo que "la convierte en una poderosa herramienta para el análisis de mutaciones específicas en variantes proteicas relacionadas con enfermedad", afirma Michael Tress, responsable del trabajo.

El sistema APRIS forma parte del proyecto internacional ENCODE, en el que han participado más de 400 científicos procedentes de 32 laboratorios del Reino Unido, Estados Unidos, Singapur, Japón, Suiza y España.

UN CATÁLOGO DE MÁS DE 16.000 QUIMERAS

En la base de datos ChiTaRS se anotan más de 16.000 ARNs quiméricos procedentes de humanos, ratones y la mosca de la fruta 'Drosophila melanogaster'. Además, relaciona algunos de estos ARNs quiméricos con alteraciones en los cromosomas, presentes en distintos tipos de cáncer.

El proceso de splicing o empalme de exones adquiere mayor complejidad con los ARNs quiméricos, que resultan del empalme de exones procedentes de genes distintos. Las anotaciones recogidas en ChiTaRS se incorporarán al sistema universal de datos UniProt Knowledgebase (UniProtKB), que comprende un amplio catálogo de información sobre proteínas procedentes de laboratorios de todo el mundo.

"Los ARNs y las proteínas quiméricas se han convertido en los últimos años en un potente foco de atracción, ya que pueden servir como nuevos marcadores de cáncer, así como de posibles dianas para la generación de nuevos fármacos", declara Milana Frenkel-*?Morgenstern, primera autora del trabajo.

Este nuevo catálogo también ayudará a la comprensión de la evolución de los ARNs quiméricos en eucariotas y sus funciones en los organismos.

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